白莲教是在宋代结社念佛、方士信仰广泛发展的情况下产生的。它在初创时期是佛教的一个世俗化教派，但后来则演化为民间秘密教团。
白莲教建立于南宋初年，创始人是江苏吴郡延祥院僧人茅子元。据《庐山莲宗宝鉴》记载，茅子元先学天台教义，习止观禅法，后慕东晋慧远莲社遗风，“劝人归依三宝，受持五戒”，“念阿弥陀佛五声，以证五戒”；制定晨朝礼忏仪，劝人信仰西方净土。他在江苏青浦县的淀山湖边，建立“莲宗忏堂”，修持净业，自称“白莲导师”，传授弟子。他提倡吃斋念佛，不杀生，不饮酒，男女僧俗共同修持。因其主张断肉食菜，故又名“白莲菜”。《释门正统》卷四也说：“所谓白莲者，绍兴初，吴郡延祥院沙门茅子元，曾学于北禅梵法主会下，依仿天台，出《圆融四土图》、《晨朝礼忏文》，偈歌四句，佛念五声，劝诸男女，同修净业，称白莲导师；其徒号白莲菜人。”
白莲教的教义以为，净秽迷悟只是一心所作；根据心的染净程度，众生所生净土才有高下的差别。因此，它要求把修心与修净土结合起来。该教创立不久，便在民众中迅速得到传播。南宋绍兴初年(1131)，当局以“食菜事魔”的罪名将茅子元流配江州(今江西九江)；三年(1133)，子元被赦，宋高宗召见，并赐“劝修净业莲宗导师慈照宗主”的称号。子元死后，小茅阇黎等人继续倡导，使白莲教盛行于南方。
进入元代后，白莲教与民间信仰逐渐融合，群众基础日益广泛，使政府屡屡感到不安。武宗至大元年(1308)，诏令“禁止白莲社，毁其祠宇，以其人还隶名籍。”(《武宗纪》，《元史》卷二二)由于庐山东林寺普度撰《莲宗宝鉴》，解释子元白莲教正义，加上白莲教其他上层人物的积极活动，它的合法地位才一度得以恢复。但白莲宗的下层则已转入秘密发展，教义也有所变化，成了鼓动和组织农民反抗统治者的手段，并终于导致元末农民的大起义。
白云宗原属华严宗的一支，又名“白云菜”或“十地菜”，是由北宋末年杭州白云庵沙门孔清觉(1043-1121)所创。该教团以提倡菜食为主，吸引在家信众。《释门正统》卷四云：
所谓白云者，大观间，西京宝应寺僧孔清觉，称鲁圣之裔，来居杭之白云庵，涉猎释典，立四果十地，以分大小两乘，造论数篇，传于流俗。从者尊之曰“白云和尚”，名其徒曰“白云菜”，亦曰“十地菜”。然论四果，则昧于开权显实；论十地，则不知通别圆异。虽欲对破禅宗，奈教观无归，反成魔说。觉海愚，力排其谬于有司，坐流恩州。其徒甚广，几与白莲相混，特以妻子有无为异耳。亦颇持诵，晨香夕火，供养法宝，躬耕自活，似沮溺荷蓧之风，实不可与事魔妖党同论。
清觉以为，只有《华严经》教义才是“顿教”，属“菩萨十地”中的第十地，因而是引导众生成佛的“佛乘”，需要特别加以弘扬。他依据华严宗圆融无碍之说，着力提倡儒释道三教一致，认为儒教明乎仁义礼智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化诱群迷；道教则寂默恬淡，无贪无爱。虽然三教各有特点，其义则一。白莲宗僧人可娶妻生子，白云宗则不许娶妻，但强调信徒要耕稼自立。在戒荤戒酒戒杀等方面，两宗大体相同。
在浙江西部农村中，白云宗拥有很多信徒，但据说其中往往有以修忏念佛为名，男女混杂秽乱的情况，故被政府视作“邪教”。北宋政和六年(1116)，清觉被发配广南恩州(今广东恩平)，四年后获释。南宋嘉泰二年(1202)，有司上奏：道民“吃菜事魔，所谓奸民者也。自植党与，十百为群，挟持妖教，聋瞽愚俗。或以修路建桥为名，或效诵经焚香为会，夜聚晓散，男女无别，所至各有渠魁相统……假名兴造，自丰囊囊，创置私庵，以为逋逃渊薮”(《佛祖统纪》卷五四)，请禁止流行。宁宗准奏。
到了元代，白云宗一度有较大发展，杭州南山普宁寺成为该宗的中心。该寺住持道安组织雕刻了又一部大藏经，名《普宁藏》，该藏除复刻宋代思溪《圆觉藏》外，还加入了白云宗的有关撰述和元代新译经典。但至元仁宗延祐七年(1320)，白云宗再次遭到严禁。
清朝时期的白莲教及其分支的起义
清乾隆年间，白莲教支派林立。混元教和收元教是其中重要的两支。
乾隆三十九年（1774）初，河南鹿邑人樊明德在家乡创立混元教，并将其迅速传播到河南归德、陈州、汝宁和安徽颖州等府。第二年便遭到清政府严厉镇压，樊明德等十三人被判处死刑，他的再传弟子刘松被发配到甘肃隆德县，混元教处于瘫痪状态。
乾隆五十三年（1788）三月，混元教徒、安徽太和县人刘之协“来至刘松配所探望，与刘松商复旧教，并以混元教破案已久，人多不信，必须另立教名。随商同刘松，改为三阳教……欲觅一人捏名牛八，凑成朱字，伪称明朝嫡派，将来必然大贵。又指刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，保辅牛八，入其教者可免一切水火刀兵灾厄。并推称刘松为老教主”。
乾隆末年，收元教在鄂西北地区进行活动，主要分为襄阳宋之清和房县王应琥两支。
湖北襄阳人宋之清是收元教支派三益教创立者姚应彩的再传弟子。他本人亦收襄阳总差役齐林等人为徒。乾隆五十四年（1789），他又拜刘之协为师。三年后，宋之清因传徒日多，与刘之协发生了争教事件，遂自立一教，名为西天大乘教。从此，他“自行兴教，捏称弥勒转世，必须学习西天大乘教，躲避灾难”并将其活动的重点放在阶级关系紧张的川楚陕三省交界地区，让弟子们广收徒众，扩大组织。与此同时，王应琥也在湖北、四川交界地区大力发展组织。以宋之清为首的收元教，为把农民群众从宗教信仰的迷雾中吸引到自身的解放上来，宣传“习教者，有患相救，有难相死，不持一钱可周行天下”，“从教者先送供给米若干，入教之后，教中所获资物，悉以均分”，“习教之人，不携资粮，穿衣吃饭不分尔我”等等，以及随后逐步散播的“弥勒转世，保辅牛八”这一披着宗教外衣的政治性预言，深深地吸引着广大群众，扩展组织的工作进行得十分顺利。其弟子中，湖北襄阳总差役齐林，对收元教的发展，作出了重大贡献，后来的襄阳黄号，以及四川起义军大部分领袖，如姚之富、樊人杰、王光祖，冉文俦、孙赐俸、徐天德、冷天禄、王三槐等等，都是齐林的弟子或再传三传弟子。齐林势力和影响已超过宋之清，川楚院起义基本上是由齐林系统的教徒发动和领导的
另说白莲教
这是一个十分复杂的事。我当时也没有细看。
记得开创人南宋人，茅子元好象就是一个半僧半俗（这点是十分有趣），也是讲要念佛求生西方。（效初祖慧远大师之莲社）又因强调持菜食，故教徒称为白莲菜。
子元在世时，白莲宗之教团素质，尚称清净，并未沦为邪伪。但在子元死后未几，白莲宗的组织、教义渐起变化。宋末就有点变味了。
所以后来又有莲宗宝鉴。凡十卷。元代庐山东林寺之优昙普度撰。普度自称为东晋庐山慧远白莲社念佛之正系，基于南宋慈照子元白莲宗之教旨，编集有关念佛三昧之经说、史传等。盖因慨叹当时称莲宗者多，然不能基于初祖慧远之意，不能了悟开祖子元之本旨，更为邪说谬解所惑，为救此流弊，遂集诸书之善言加以增删或润色而成此书。
而且，民间也逐渐产生一种信奉“弥勒下生”的新教派，且亦名为白莲教。此一信奉弥勒下生的白莲教，究系自子元之白莲宗演化而来，或系不同之新兴教派，学术界迄今仍有不同看法，未有定论。元明清时，则大乱于四处。这与先清宋之的白莲教有极大的区别了。
原来不明白为何许多净宗史书讲到白莲教，后来看书时，才发现这与净土宗大有关联。可笑有些人居然相混淆。
末学最后的感觉是。天台、贤首、唯识等等，最后的发展均是归于净土。这不是偶然的。是诸佛之心要。
白莲教以下的诸多教派
在武侠小说中，有各式各样的魔教、组织和仪式都相当神秘，它的原型是古代历史上江湖中的秘密教派。
秘密教派的大发展开始于宋代。北宋末年，方腊利用摩尼教组织“吃菜事魔”,发动起义。南宋初年高宗时，吴郡（今苏州市）沙门茅子元，自称白莲导师，创立白莲教。至元末，白莲教和摩尼教（明教）等一起参加了轰轰烈烈的元末农民大起义，势力得到了极大的增长，从此秘密教派的发展也开始步入一个鼎盛的局面，一直维持到中华民国时期。
下面罗列一些主要的教派：
白莲教罗教黄天教弘阳教闻香教圆顿教龙华教长生教天地门在理教先天道真空道皈一道普渡道圣贤道一贯道九宫道同善社一心天道龙华圣教会棒锤会八卦教天理教青水教清莲教义和团神拳教金丹教摩尼教天主教三官教无为教五圣教坎离教清风教纯阳教当阳教白连教大仙教飞升教达摩教清净教龙华教三仙教三阳教观音教玄玄教先天教出明教无形教水月教菩萨教玩始教大乘教无相教南无教无极教全真教真武教金丹教皇极教无极教无为教无为祖教三圣教悟空教玉女教万化教青阳教法光教齐天教玄圣教清玄教金心教完丹教升天教光明教假长生教一字金丹教完丹教乾阳教上上三元教五气朝元教龙华教把涌金莲教和气教人天教抱元守一教玄阳教通天教无极教和合教圆通教皇极教无相教天军教朝阳教收圆教归源教
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镇压川楚陕白莲教起义
嘉庆帝当政期间，一方面对内政作了有限的整饬，同时又加紧对蓬勃兴起的农民起义进行镇压。
乾隆中叶以后，随着社会阶级矛盾的激化，农民起义也不断激发。嘉庆元年（1796），爆发了震撼全国的川、楚、陕农民大起义。已经退位仍手握重权的太上皇乾隆帝，立即调兵遣将，围追堵截，然而，劳师数年，糜饷数千万，结果是“良民不得已从贼，日以浸多，奔驱三载，不能自拔者数逾十万”2。起义由湖北发展到河南、陕西、四川三省地区。嘉庆帝亲政后，毫不迟疑地把镇压方兴未艾的农民起义作为最紧迫的政务，摆到了议事日程的首位。
嘉庆四年正月初四，即他亲政第二天，便命军机大臣传谕四川、湖北、陕西督抚、带兵大臣将领等，指斥他们“奏报粉饰，掩败为功”。严令他们“戮力同心，刻期灭贼”，警告他们：“有仍欺玩者，朕惟以军法从事”1。
此后，嘉庆帝实行一系列新政策，采取各种措施，加强了对农民起义的镇压。首先是清除军中积弊。嘉庆帝认为，川、楚、陕农民起义，历经三载，尚未荡平，完全是因为和珅当政时“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意指，虚报首级，坐冒军粮，以致军务日久未竣，贻误军国”2。和珅伏诛后，他多次警告营中带兵各大员，过去皆以和珅为可恃，只图迎合钻营，并不以军事为重，现在和珅已被惩办，失所依恃，向来掩饰虚捏之技已穷，就应该“勉力蒇功，若再不力加悛改，奋发有为，督率将领等设法兜截，速擒各首逆，则军律具在”3。他大力整顿督抚将领冒功侵饷问题。自嘉庆元年至四年，已耗费军饷七千余万两，然而，“兵丁衣服褴褛，几同乞丐”4。成千上万的军饷，或被诸将领克扣侵吞，故“军营中酒肉声歌，相为娱乐”5，或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损，军营竟成为统兵将领及地方官员发财致富的渊薮。于是，在京谙达、侍卫、章京，无不营求赴军，那些自军中而归者，“无不营置田产，顿成殷富”6。嘉庆帝认为，这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”7，军营大员“藉剿贼为名，稽延时日，不愿藏事”8，决心大加整饬。嘉庆四年十一月，以襄阳道胡齐崙经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送，嘉庆帝将其处死籍没。对于“公然提用军需正项，信任胡齐崙一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅，革其子世袭职，对受贿的明亮、永保、庆成、鄂辉等领兵大员皆籍没其家。在处理湖北冒功侵饷案件时，他又派员严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”1。他制定了“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用的混乱情况有所纠正。
针对各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，他授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”2。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆帝给予勒保“一面拿究，一面具奏”3不遵军令贻误重大军情者的特权，同时，又授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路”4。
勒保制定了先筹川陕的用兵计划，坐镇四川，督率多路清兵，对起义军围追堵截。然而时过半载，据副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者，尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”5这说明，起义军不但没有被消灭，声势反而越来越大。嘉庆帝迁怒于勒保，于同年七月，以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪，其经略事务以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将其免职。以都统额勒登保代之。
额勒登保系清军中一员悍将，在清廷镇压苗民及川、楚、陕农民起义中，“战绩为诸军最”1。他注重军纪，其军行经之地，民间竟能“无不安堵欢迎”2。特别是他自律甚严，胡齐崙一案，督抚将帅皆受其赠，独额勒登保未受其馈，故被嘉庆帝选择为经略大臣。
清廷耗帑数千万，经历数载而不能消灭起义军，究其原因，撇开起义军本身的原因不谈，这与清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将义军逐出管辖地段，而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为高，远远避开农民军的锋芒，而是以逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”说法3，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安尤其突出。他领兵驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南，然而，他惟知远避尾随，从未和起义军正面交战，人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆帝在确定了统兵大员之后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以惩处，以永保“纵贼”湖北，景安“纵贼”河南，宜绵、秦承恩“纵贼”陕西，英善、勒保“纵贼”四川，惠龄“纵贼”渡汉江的罪名，将景安、永保逮交刑部，拟重辟，秦承恩、宜绵遣戍伊犁，英善驻防西藏，惠龄降级调用。他又针对各地官员“皆自顾疆域，以逐出为邀功，从不肯实力痛剿”4的行为，借严惩之机，进一步明确了各省将吏防守围剿之责，“责成各督抚将帅，各歼贼本境。倘有逸出邻境者，即治以“纵贼之罪，其邻省边备不严者，即治以疏防之罪。”1
清廷镇压农民起义历久不能奏效的事实，使嘉庆帝认识到“诛之不可胜诛”的道理。他决定改变乾隆帝所实行的单纯军事围剿政策，采取“除著名各首逆自当悉数歼擒、断难宽宥外，其余逼迫附和之众，若有临阵投降，悔罪乞命者，不妨剿抚兼施，以期解散贼党”2的新政策。嘉庆四年正月，他诏谕天下，宣称：“各路贼队中之良民，如有能缚献贼首，悔罪立功者，不但宥其前罪，尚可……格外邀恩。否则或潜行散去，或临阵投降，亦必释回乡里，俾安生业。”3此后，他采取各种措施，把剿抚兼施政策付诸实施，其中重要的一条就是，优擢良吏，惩办贪官酷吏。他亲政后，立即抓住被清军诱捕解京的起义军首领王三槐供词中“官逼民反”一句话大做文章。起初，他将义军之起，归诸于和珅的贪婪，在诛灭和珅后的上谕中说，“我国家百数十年来，厚泽深仁……百姓幸际昌期，安土乐业，若非迫于万不得已，焉肯不顾身家，铤而走险。总缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，多方婪索，竭其脂膏，因而激变至此。然州县之所以剥削小民者，不尽自肥己橐，大半趋奉上司。而督抚大吏之所以勒索属员者，不尽安心贪赎，无非交结和珅，是层层朘削，皆为和珅一人。而无穷之苦累，则我百姓当之，言念及此，能不痛心？”4不久，达州知州戴如煌，老病贪劣，属下民怨沸腾，武昌府同知常丹葵，奉檄查缉时，株连无辜数千人，惨刑勒索，均被逮京治罪。与此同时，一些为官清廉、政声卓著的官员，则被优擢任用。四川广元县知县刘清、巴县知县赵华、渠县知县吴桂，均被越格保荐。事实证明，嘉庆帝之“害民之官必宜去，爱民之官必宜用”的决策，使那些久负清名的官员，在招降抚绥上，起了很重要的作用。广元县知县刘清，被当地百姓呼为“刘清天”，早在嘉庆三年就曾为清廷诱捕了起义军首领王三槐，仅刘清一人，在军七载，即先后“招抚”起义者三万余人。对受抚民人的安置，是剿抚兼施政策成败的关键。嘉庆帝深知，经过历年战火，许多地方室庐焚荡，田亩抛荒，受抚之民“欲返则无所归，即归亦无所食，其势不得不托贼巢为栖身之所，藉盗粮为糊口之资。”1这样，势必使招抚成为空谈。为了使“此番安集，即成永远规模”2，他命刘清等悉心妥议，对他乡流落者如何资送还农，失所无依者，如何编丁占籍。勒保曾于四川采取了抚恤难民，给资安插的做法，嘉庆帝对此深表赞许，认为这样做，“使民生既获安全，贼党又可解散，为一劳永逸之计”3。继而，他又以难民就抚之后，无家可归，无地可种，即官给银两，只能赡给一时，并不能久安生计，在资粮用尽后，无以自存，“势必故智复萌，仍为草窃之事”4为忧，提出抚绥三策：“或清查叛产；或量给流亡绝产；或于南山老林垦荒，暂免升科。”5四年十月，嘉庆帝得知陕西终南山地区起义军已被镇压，提出将绵延八百余里的终南山山内老林，量加砍伐，其地亩拨给流民自行垦种，并要求根据山内地方形势广狭，或分建县治，或设立厅署，安设营汛，移驻兵弁，加以管束弹压。他以为，这样即可使流民成为土著，各安本业，“有恒产必有恒心”，就可以从根本上解决招徕安抚的问题了。然而，嘉庆帝对起义军的招抚诏谕，并没有发生“闻风踊跃，争先来归”的预期效果。当时的情况是，“虽有招抚之空谈，总未能收解散之实效”1。恼羞成怒的嘉庆帝严命各地将吏“必能剿而后可以言抚”2，如若起义人员拒降，则“惟有痛加剿杀，划尽根株”3。
在嘉庆帝为平定白莲教起义实行的各项政策中，其中最为毒辣的要数寨堡团练的坚壁清野政策。所谓“坚壁清野”，即并小村入大村，移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，“实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生。贼至则闭栅登陴，相与为守”4。这种政策的实行，始于川、楚、陕农民起义初起时。当时一些地方将吏，针对起义军流动作战，随时随地得到人民的支持，而清军疲于奔命，不能有效地镇压起义军的情况，于湖北襄阳孝感的一些村市和长江沿岸的一些城镇修筑堡寨，取得成效。嘉庆二年将军明亮上书朝廷，请令于农民起义军最活跃的州县修筑堡寨，实行坚壁清野之策，但没有得乾隆帝的批准。嘉庆帝亲政后，历经数月，经多方调整调度，仍不能置起义军于死地，遂广为推行坚壁清野政策。四年六月，他根据湖北孝感随州寨堡团练、坚壁清野的经验，肯定这是镇压农民起义的“良策”，命经略勒保等，于川、陕、河南等省各处，仿照办理。同年七月，额勒登保继任经略后，首先于川东、川北各地“扼险筑寨，大者数千人，亦数百家，团练守御。”凡起义军“所至俱有堡寨，星罗棋布”1。额勒登保又令陕、楚“晓谕修筑”。额勒登保大力推行堡寨团练，受到嘉庆帝嘉奖，令各地从速推行。继而那彦成、松筠、台布、长麟推行于陕甘，而后书麟、吴熊光行之于湖北。“先后三四载，堡寨告成”2。嘉庆五年，由于川东、川北堡寨团练的推行，起义军的活动遇到了极大困难，他们被迫离开川省，转战陕甘。嘉庆帝指斥陕甘督抚推行堡寨团勇不力，明确规定：“自后以剿捕责成领兵将帅，而团练守御则责成督抚”3，严令“陕甘、湖广督抚严饬所属，山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守有效者保奏，违者罪之”4。面对起义军不断发展壮大的现实，他深感八旗、绿营及所募散勇之不得力，亦感兵力不敷调用，于是，在极力推广“扼险筑寨”、“掘壕筑堡”时，提倡团练乡勇，企图节省养疲兵、募散勇之资，收事半功倍之效，命令各省督抚“聚集壮健，结队保守，贼至则合力迎御，贼去则仍安生业。”5为了提高乡勇的战斗力，后来他又要求各地对乡勇“勤加操练”，“团而不散”6。为了刺激乡勇头目更积极地为清皇朝效力，他力改军营中“临阵辄令乡勇居前，绿营兵次之，满兵、吉林、索伦又次之。……及战胜，则后队弁兵又攘以为功，而冲锋陷阵之乡勇反不得与”的情况，令各地将吏“嗣后乡勇有功，一例保奏，阵亡一例议恤”7。“寨堡团练”的坚壁清野政策，给川、楚、陕白莲教大起义带来严重影响，极大地削弱了起义军赖以纵横驰骋、机动灵活地打击敌人的基础。因为它割断了起义军与广大贫苦农民的密切联系，使起义军在人员的补充、粮秣的供给等方面产生了极大的困难。而各地乡勇、团勇或为清军查询道路，递送情报，成为清军耳目；或“百十成群，乘夜劫营”，成为清军的别动队1。起义军处处遭受打击，日夜不得安宁。自坚壁清野政策实行后，白莲教大起义高涨的形势急转直下，“五年以前，贼势之炽者，以其到处裹人，胁从日众，抢掠民食，因粮于我也。自堡寨之议行，民尽依险结寨，平原之地，亦挖壕筑堡，牲畜粮米，尽皆收藏其中，探有贼信，民归寨堡，凭险据守。贼至，无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣”2。由此足见坚壁清野对川、楚、陕白莲教大起义的巨大影响。
嘉庆帝亲政后实行的一系列新政策，使起义军受到严重挫折。嘉庆五年下半年，许多著名的起义军领袖相继被捕或战死，义军不得不向川、楚、陕三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托巴山老林坚持斗争。嘉庆六年二月，列名悬赏起义军领袖徐天德、王廷诏、高二（即高天升）、马五（即马学礼）、高三（即高天德）等。此时，经略额勒登保、参赞德楞泰又率军对起义军实行分路围剿，起义军面临的局势更加险恶。不久，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等人或战死，或被俘。至嘉庆六年六月，起义军活动的地区仅局限于川、楚、陕三省交界的老林寨堡狭小的地区，人数剧减至二万四千余人。但是，起义军并没有放下武器，他们出没于丛山老林，游击于清军力量薄弱地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”3。他们前赴后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”1。为了迅速歼灭起义军，嘉庆六年六月，经略、参赞于陕西平利举行会议，决定由德勒泰由西南逼攻，额勒登保由东北邀击，会剿于三省交界处。德勒泰在围剿中，分选兵勇，冒起义军服色、旗号，使用受招抚的起义军为向导，“或佯与合队，或趁夜袭营”2。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余一万多人。急于求胜的嘉庆帝限令于六年冬将起义军悉数歼灭。但是，这个计划并没有实现。嘉庆七年正月，活动于川北的起义军领袖苟文明联合其他零散队伍，积聚二千余人，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自认已稳操胜券的嘉庆帝因劳师糜饷、旷日持久不能成功而大动肝火，愤而将额勒登保夺爵革翎，七年五月，又将额勒登保革职留任，令其“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏赐募。……限六月内灭贼”3。在清军全力压迫下，至七年十一月，起义军的著名领袖大部分已战死和被俘，零星起义军千余人只能分散活动于丛林中。嘉庆七年十二月，经略、参赞会同川督、陕督、湖督，以大功勘定，用黄布朱里折六百里驰奏，嘉庆帝立即“祭告裕陵，宣示中外”，论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。他虽以大功底定宣示中外，并没有立即撤兵罢战。他深明“一贼不尽，皆可滋蔓”的历史教训，指示经略、参赞“毋遽来京”，诸帅亦屯兵险要，穷追残存的起义军。至嘉庆八年七月，额勒登保等奏报三省肃清，大批清军开始撤离。不久，起义军余部趁清军纷纷撤离之机，突出老林，四出活动，而大批被裁撤乡勇与起义军的联合，使已濒临失败的白莲教大起义大有重振雄威的势头。这时，起义军人数虽不多，然而，他们皆历经百战之余，有丰富的经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”1，而清军“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二、三百贼，而三省不得解严”2。地方大员一时束手无策。九年，嘉庆帝只好再次派遣还朝不久的额勒登保以钦差大臣赴陕，会同德勒泰再次围剿起义军。直至九年九月，各路皆报肃清。但是，即使在此后，起义军余部的活动仍在进行。嘉庆十年五月，起义军的最后一个领导者王世贵牺牲，标志着起义的最后失败。
历时九年，遍及五省的白莲教农民大起义被残酷地镇压下去了。嘉庆帝为了镇压起义，先后调集了十六个省的兵力，耗费白银二万万两，相当于清政府五年财政收入的总和。清政府在镇压起义军时，被击毙的一、二品高级将领二十多人，副将、参将以下军官四百多人。清政府的武装力量因而受到极大削弱。从此，这个皇朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆帝竭尽全力刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报迭起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年（1800）即发难于闽浙沿海，力量日益壮大。嘉庆九年起义军连八十余艘，进入福建沿海。冬，蔡牵聚集战船百余艘率众二万有余进攻台湾，自号镇海王。这时，白莲教起义已被镇压，嘉庆帝立即增强了对蔡牵起义军的镇压，至嘉庆十五年二月，蔡牵领导的东南沿海人民起义最后失败。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年（1813），对清朝造成更大政治威胁的林清、李文成领导的天理教农民起义又爆发了。嘉庆十八年九月初七日，三千名起义军攻破河南滑县县城，杀死知县强克捷，于狱中救出李文成，并推他为起义领袖。直隶之长垣、东明，山东之曹州、定陶、金乡等地农民纷起响应，杀官围城，势如烈火。与此同时，变生肘腋，祸起萧墙。九月十五日，由林清组织的京畿附近的天理教农民起义军二百多人，由宣武门潜入内城，其中八十多名起义军突入禁门，至大内。当时，嘉庆帝正在热河行围。变起，宫内一片惊慌。留京王大臣率禁兵至，突入大内的起义军势孤力单陷于失败。嘉庆帝得到消息，惊恐万分。十七日下诏罪己，谴责诸臣“因循怠玩”，“致酿成汉唐、宋明未有之事”1。谕令新任步军统领英和于京城及近畿大肆搜捕，“其三品以下官员以及军民铺户人等俱著逐户挨查，除妇女不查外，丁男按名点验”2。同日，林清于北京郊区的黄村被捕。十九日嘉庆帝还宫，在瀛台亲讯林清及内应太监，“皆磔之，传首畿内”3。在大力捕杀近畿农民起义军的同时，他重新大规模调兵遣将，布置对直、鲁、豫农民起义的围剿。十九年正月，在清军围剿中，天理教农民起义失败。
嘉庆一朝，人民的反抗斗争几乎没有停止过。嘉庆帝虽然把农民起义血腥镇压下去了，但是在农民起义的不断的沉重打击下，嘉庆帝统治的皇朝变得虚弱、精疲力尽
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白莲教建立于南宋初年，创始人是江苏吴郡延祥院僧人茅子元。据《庐山莲宗宝鉴》记载，茅子元先学天台教义，习止观禅法，后慕东晋慧远莲社遗风，“劝人归依三宝，受持五戒”，“念阿弥陀佛五声，以证五戒”；制定晨朝礼忏仪，劝人信仰西方净土。他在江苏青浦县的淀山湖边，建立“莲宗忏堂”，修持净业，自称“白莲导师”，传授弟子。他提倡吃斋念佛，不杀生，不饮酒，男女僧俗共同修持。因其主张断肉食菜，故又名“白莲菜”。《释门正统》卷四也说：“所谓白莲者，绍兴初，吴郡延祥院沙门茅子元，曾学于北禅梵法主会下，依仿天台，出《圆融四土图》、《晨朝礼忏文》，偈歌四句，佛念五声，劝诸男女，同修净业，称白莲导师；其徒号白莲菜人。”
白莲教的教义以为，净秽迷悟只是一心所作；根据心的染净程度，众生所生净土才有高下的差别。因此，它要求把修心与修净土结合起来。该教创立不久，便在民众中迅速得到传播。南宋绍兴初年(1131)，当局以“食菜事魔”的罪名将茅子元流配江州(今江西九江)；三年(1133)，子元被赦，宋高宗召见，并赐“劝修净业莲宗导师慈照宗主”的称号。子元死后，小茅阇黎等人继续倡导，使白莲教盛行于南方。
进入元代后，白莲教与民间信仰逐渐融合，群众基础日益广泛，使政府屡屡感到不安。武宗至大元年(1308)，诏令“禁止白莲社，毁其祠宇，以其人还隶名籍。”(《武宗纪》，《元史》卷二二)由于庐山东林寺普度撰《莲宗宝鉴》，解释子元白莲教正义，加上白莲教其他上层人物的积极活动，它的合法地位才一度得以恢复。但白莲宗的下层则已转入秘密发展，教义也有所变化，成了鼓动和组织农民反抗统治者的手段，并终于导致元末农民的大起义。
白云宗原属华严宗的一支，又名“白云菜”或“十地菜”，是由北宋末年杭州白云庵沙门孔清觉(1043-1121)所创。该教团以提倡菜食为主，吸引在家信众。《释门正统》卷四云：
所谓白云者，大观间，西京宝应寺僧孔清觉，称鲁圣之裔，来居杭之白云庵，涉猎释典，立四果十地，以分大小两乘，造论数篇，传于流俗。从者尊之曰“白云和尚”，名其徒曰“白云菜”，亦曰“十地菜”。然论四果，则昧于开权显实；论十地，则不知通别圆异。虽欲对破禅宗，奈教观无归，反成魔说。觉海愚，力排其谬于有司，坐流恩州。其徒甚广，几与白莲相混，特以妻子有无为异耳。亦颇持诵，晨香夕火，供养法宝，躬耕自活，似沮溺荷蓧之风，实不可与事魔妖党同论。
清觉以为，只有《华严经》教义才是“顿教”，属“菩萨十地”中的第十地，因而是引导众生成佛的“佛乘”，需要特别加以弘扬。他依据华严宗圆融无碍之说，着力提倡儒释道三教一致，认为儒教明乎仁义礼智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化诱群迷；道教则寂默恬淡，无贪无爱。虽然三教各有特点，其义则一。白莲宗僧人可娶妻生子，白云宗则不许娶妻，但强调信徒要耕稼自立。在戒荤戒酒戒杀等方面，两宗大体相同。
在浙江西部农村中，白云宗拥有很多信徒，但据说其中往往有以修忏念佛为名，男女混杂秽乱的情况，故被政府视作“邪教”。北宋政和六年(1116)，清觉被发配广南恩州(今广东恩平)，四年后获释。南宋嘉泰二年(1202)，有司上奏：道民“吃菜事魔，所谓奸民者也。自植党与，十百为群，挟持妖教，聋瞽愚俗。或以修路建桥为名，或效诵经焚香为会，夜聚晓散，男女无别，所至各有渠魁相统……假名兴造，自丰囊囊，创置私庵，以为逋逃渊薮”(《佛祖统纪》卷五四)，请禁止流行。宁宗准奏。
到了元代，白云宗一度有较大发展，杭州南山普宁寺成为该宗的中心。该寺住持道安组织雕刻了又一部大藏经，名《普宁藏》，该藏除复刻宋代思溪《圆觉藏》外，还加入了白云宗的有关撰述和元代新译经典。但至元仁宗延祐七年(1320)，白云宗再次遭到严禁。
清朝时期的白莲教及其分支的起义
清乾隆年间，白莲教支派林立。混元教和收元教是其中重要的两支。
乾隆三十九年（1774）初，河南鹿邑人樊明德在家乡创立混元教，并将其迅速传播到河南归德、陈州、汝宁和安徽颖州等府。第二年便遭到清政府严厉镇压，樊明德等十三人被判处死刑，他的再传弟子刘松被发配到甘肃隆德县，混元教处于瘫痪状态。
乾隆五十三年（1788）三月，混元教徒、安徽太和县人刘之协“来至刘松配所探望，与刘松商复旧教，并以混元教破案已久，人多不信，必须另立教名。随商同刘松，改为三阳教……欲觅一人捏名牛八，凑成朱字，伪称明朝嫡派，将来必然大贵。又指刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，保辅牛八，入其教者可免一切水火刀兵灾厄。并推称刘松为老教主”。
乾隆末年，收元教在鄂西北地区进行活动，主要分为襄阳宋之清和房县王应琥两支。
湖北襄阳人宋之清是收元教支派三益教创立者姚应彩的再传弟子。他本人亦收襄阳总差役齐林等人为徒。乾隆五十四年（1789），他又拜刘之协为师。三年后，宋之清因传徒日多，与刘之协发生了争教事件，遂自立一教，名为西天大乘教。从此，他“自行兴教，捏称弥勒转世，必须学习西天大乘教，躲避灾难”并将其活动的重点放在阶级关系紧张的川楚陕三省交界地区，让弟子们广收徒众，扩大组织。与此同时，王应琥也在湖北、四川交界地区大力发展组织。以宋之清为首的收元教，为把农民群众从宗教信仰的迷雾中吸引到自身的解放上来，宣传“习教者，有患相救，有难相死，不持一钱可周行天下”，“从教者先送供给米若干，入教之后，教中所获资物，悉以均分”，“习教之人，不携资粮，穿衣吃饭不分尔我”等等，以及随后逐步散播的“弥勒转世，保辅牛八”这一披着宗教外衣的政治性预言，深深地吸引着广大群众，扩展组织的工作进行得十分顺利。其弟子中，湖北襄阳总差役齐林，对收元教的发展，作出了重大贡献，后来的襄阳黄号，以及四川起义军大部分领袖，如姚之富、樊人杰、王光祖，冉文俦、孙赐俸、徐天德、冷天禄、王三槐等等，都是齐林的弟子或再传三传弟子。齐林势力和影响已超过宋之清，川楚院起义基本上是由齐林系统的教徒发动和领导的
另说白莲教
这是一个十分复杂的事。我当时也没有细看。
记得开创人南宋人，茅子元好象就是一个半僧半俗（这点是十分有趣），也是讲要念佛求生西方。（效初祖慧远大师之莲社）又因强调持菜食，故教徒称为白莲菜。
子元在世时，白莲宗之教团素质，尚称清净，并未沦为邪伪。但在子元死后未几，白莲宗的组织、教义渐起变化。宋末就有点变味了。
所以后来又有莲宗宝鉴。凡十卷。元代庐山东林寺之优昙普度撰。普度自称为东晋庐山慧远白莲社念佛之正系，基于南宋慈照子元白莲宗之教旨，编集有关念佛三昧之经说、史传等。盖因慨叹当时称莲宗者多，然不能基于初祖慧远之意，不能了悟开祖子元之本旨，更为邪说谬解所惑，为救此流弊，遂集诸书之善言加以增删或润色而成此书。
而且，民间也逐渐产生一种信奉“弥勒下生”的新教派，且亦名为白莲教。此一信奉弥勒下生的白莲教，究系自子元之白莲宗演化而来，或系不同之新兴教派，学术界迄今仍有不同看法，未有定论。元明清时，则大乱于四处。这与先清宋之的白莲教有极大的区别了。
原来不明白为何许多净宗史书讲到白莲教，后来看书时，才发现这与净土宗大有关联。可笑有些人居然相混淆。
末学最后的感觉是。天台、贤首、唯识等等，最后的发展均是归于净土。这不是偶然的。是诸佛之心要。
白莲教以下的诸多教派
在武侠小说中，有各式各样的魔教、组织和仪式都相当神秘，它的原型是古代历史上江湖中的秘密教派。
秘密教派的大发展开始于宋代。北宋末年，方腊利用摩尼教组织“吃菜事魔”,发动起义。南宋初年高宗时，吴郡（今苏州市）沙门茅子元，自称白莲导师，创立白莲教。至元末，白莲教和摩尼教（明教）等一起参加了轰轰烈烈的元末农民大起义，势力得到了极大的增长，从此秘密教派的发展也开始步入一个鼎盛的局面，一直维持到中华民国时期。
下面罗列一些主要的教派：
白莲教罗教黄天教弘阳教闻香教圆顿教龙华教长生教天地门在理教先天道真空道皈一道普渡道圣贤道一贯道九宫道同善社一心天道龙华圣教会棒锤会八卦教天理教青水教清莲教义和团神拳教金丹教摩尼教天主教三官教无为教五圣教坎离教清风教纯阳教当阳教白连教大仙教飞升教达摩教清净教龙华教三仙教三阳教观音教玄玄教先天教出明教无形教水月教菩萨教玩始教大乘教无相教南无教无极教全真教真武教金丹教皇极教无极教无为教无为祖教三圣教悟空教玉女教万化教青阳教法光教齐天教玄圣教清玄教金心教完丹教升天教光明教假长生教一字金丹教完丹教乾阳教上上三元教五气朝元教龙华教把涌金莲教和气教人天教抱元守一教玄阳教通天教无极教和合教圆通教皇极教无相教天军教朝阳教收圆教归源教
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镇压川楚陕白莲教起义
嘉庆帝当政期间，一方面对内政作了有限的整饬，同时又加紧对蓬勃兴起的农民起义进行镇压。
乾隆中叶以后，随着社会阶级矛盾的激化，农民起义也不断激发。嘉庆元年（1796），爆发了震撼全国的川、楚、陕农民大起义。已经退位仍手握重权的太上皇乾隆帝，立即调兵遣将，围追堵截，然而，劳师数年，糜饷数千万，结果是“良民不得已从贼，日以浸多，奔驱三载，不能自拔者数逾十万”2。起义由湖北发展到河南、陕西、四川三省地区。嘉庆帝亲政后，毫不迟疑地把镇压方兴未艾的农民起义作为最紧迫的政务，摆到了议事日程的首位。
嘉庆四年正月初四，即他亲政第二天，便命军机大臣传谕四川、湖北、陕西督抚、带兵大臣将领等，指斥他们“奏报粉饰，掩败为功”。严令他们“戮力同心，刻期灭贼”，警告他们：“有仍欺玩者，朕惟以军法从事”1。
此后，嘉庆帝实行一系列新政策，采取各种措施，加强了对农民起义的镇压。首先是清除军中积弊。嘉庆帝认为，川、楚、陕农民起义，历经三载，尚未荡平，完全是因为和珅当政时“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意指，虚报首级，坐冒军粮，以致军务日久未竣，贻误军国”2。和珅伏诛后，他多次警告营中带兵各大员，过去皆以和珅为可恃，只图迎合钻营，并不以军事为重，现在和珅已被惩办，失所依恃，向来掩饰虚捏之技已穷，就应该“勉力蒇功，若再不力加悛改，奋发有为，督率将领等设法兜截，速擒各首逆，则军律具在”3。他大力整顿督抚将领冒功侵饷问题。自嘉庆元年至四年，已耗费军饷七千余万两，然而，“兵丁衣服褴褛，几同乞丐”4。成千上万的军饷，或被诸将领克扣侵吞，故“军营中酒肉声歌，相为娱乐”5，或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损，军营竟成为统兵将领及地方官员发财致富的渊薮。于是，在京谙达、侍卫、章京，无不营求赴军，那些自军中而归者，“无不营置田产，顿成殷富”6。嘉庆帝认为，这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”7，军营大员“藉剿贼为名，稽延时日，不愿藏事”8，决心大加整饬。嘉庆四年十一月，以襄阳道胡齐崙经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送，嘉庆帝将其处死籍没。对于“公然提用军需正项，信任胡齐崙一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅，革其子世袭职，对受贿的明亮、永保、庆成、鄂辉等领兵大员皆籍没其家。在处理湖北冒功侵饷案件时，他又派员严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”1。他制定了“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用的混乱情况有所纠正。
针对各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，他授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”2。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆帝给予勒保“一面拿究，一面具奏”3不遵军令贻误重大军情者的特权，同时，又授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路”4。
勒保制定了先筹川陕的用兵计划，坐镇四川，督率多路清兵，对起义军围追堵截。然而时过半载，据副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者，尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”5这说明，起义军不但没有被消灭，声势反而越来越大。嘉庆帝迁怒于勒保，于同年七月，以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪，其经略事务以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将其免职。以都统额勒登保代之。
额勒登保系清军中一员悍将，在清廷镇压苗民及川、楚、陕农民起义中，“战绩为诸军最”1。他注重军纪，其军行经之地，民间竟能“无不安堵欢迎”2。特别是他自律甚严，胡齐崙一案，督抚将帅皆受其赠，独额勒登保未受其馈，故被嘉庆帝选择为经略大臣。
清廷耗帑数千万，经历数载而不能消灭起义军，究其原因，撇开起义军本身的原因不谈，这与清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将义军逐出管辖地段，而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为高，远远避开农民军的锋芒，而是以逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”说法3，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安尤其突出。他领兵驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南，然而，他惟知远避尾随，从未和起义军正面交战，人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆帝在确定了统兵大员之后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以惩处，以永保“纵贼”湖北，景安“纵贼”河南，宜绵、秦承恩“纵贼”陕西，英善、勒保“纵贼”四川，惠龄“纵贼”渡汉江的罪名，将景安、永保逮交刑部，拟重辟，秦承恩、宜绵遣戍伊犁，英善驻防西藏，惠龄降级调用。他又针对各地官员“皆自顾疆域，以逐出为邀功，从不肯实力痛剿”4的行为，借严惩之机，进一步明确了各省将吏防守围剿之责，“责成各督抚将帅，各歼贼本境。倘有逸出邻境者，即治以“纵贼之罪，其邻省边备不严者，即治以疏防之罪。”1
清廷镇压农民起义历久不能奏效的事实，使嘉庆帝认识到“诛之不可胜诛”的道理。他决定改变乾隆帝所实行的单纯军事围剿政策，采取“除著名各首逆自当悉数歼擒、断难宽宥外，其余逼迫附和之众，若有临阵投降，悔罪乞命者，不妨剿抚兼施，以期解散贼党”2的新政策。嘉庆四年正月，他诏谕天下，宣称：“各路贼队中之良民，如有能缚献贼首，悔罪立功者，不但宥其前罪，尚可……格外邀恩。否则或潜行散去，或临阵投降，亦必释回乡里，俾安生业。”3此后，他采取各种措施，把剿抚兼施政策付诸实施，其中重要的一条就是，优擢良吏，惩办贪官酷吏。他亲政后，立即抓住被清军诱捕解京的起义军首领王三槐供词中“官逼民反”一句话大做文章。起初，他将义军之起，归诸于和珅的贪婪，在诛灭和珅后的上谕中说，“我国家百数十年来，厚泽深仁……百姓幸际昌期，安土乐业，若非迫于万不得已，焉肯不顾身家，铤而走险。总缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，多方婪索，竭其脂膏，因而激变至此。然州县之所以剥削小民者，不尽自肥己橐，大半趋奉上司。而督抚大吏之所以勒索属员者，不尽安心贪赎，无非交结和珅，是层层朘削，皆为和珅一人。而无穷之苦累，则我百姓当之，言念及此，能不痛心？”4不久，达州知州戴如煌，老病贪劣，属下民怨沸腾，武昌府同知常丹葵，奉檄查缉时，株连无辜数千人，惨刑勒索，均被逮京治罪。与此同时，一些为官清廉、政声卓著的官员，则被优擢任用。四川广元县知县刘清、巴县知县赵华、渠县知县吴桂，均被越格保荐。事实证明，嘉庆帝之“害民之官必宜去，爱民之官必宜用”的决策，使那些久负清名的官员，在招降抚绥上，起了很重要的作用。广元县知县刘清，被当地百姓呼为“刘清天”，早在嘉庆三年就曾为清廷诱捕了起义军首领王三槐，仅刘清一人，在军七载，即先后“招抚”起义者三万余人。对受抚民人的安置，是剿抚兼施政策成败的关键。嘉庆帝深知，经过历年战火，许多地方室庐焚荡，田亩抛荒，受抚之民“欲返则无所归，即归亦无所食，其势不得不托贼巢为栖身之所，藉盗粮为糊口之资。”1这样，势必使招抚成为空谈。为了使“此番安集，即成永远规模”2，他命刘清等悉心妥议，对他乡流落者如何资送还农，失所无依者，如何编丁占籍。勒保曾于四川采取了抚恤难民，给资安插的做法，嘉庆帝对此深表赞许，认为这样做，“使民生既获安全，贼党又可解散，为一劳永逸之计”3。继而，他又以难民就抚之后，无家可归，无地可种，即官给银两，只能赡给一时，并不能久安生计，在资粮用尽后，无以自存，“势必故智复萌，仍为草窃之事”4为忧，提出抚绥三策：“或清查叛产；或量给流亡绝产；或于南山老林垦荒，暂免升科。”5四年十月，嘉庆帝得知陕西终南山地区起义军已被镇压，提出将绵延八百余里的终南山山内老林，量加砍伐，其地亩拨给流民自行垦种，并要求根据山内地方形势广狭，或分建县治，或设立厅署，安设营汛，移驻兵弁，加以管束弹压。他以为，这样即可使流民成为土著，各安本业，“有恒产必有恒心”，就可以从根本上解决招徕安抚的问题了。然而，嘉庆帝对起义军的招抚诏谕，并没有发生“闻风踊跃，争先来归”的预期效果。当时的情况是，“虽有招抚之空谈，总未能收解散之实效”1。恼羞成怒的嘉庆帝严命各地将吏“必能剿而后可以言抚”2，如若起义人员拒降，则“惟有痛加剿杀，划尽根株”3。
在嘉庆帝为平定白莲教起义实行的各项政策中，其中最为毒辣的要数寨堡团练的坚壁清野政策。所谓“坚壁清野”，即并小村入大村，移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，“实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生。贼至则闭栅登陴，相与为守”4。这种政策的实行，始于川、楚、陕农民起义初起时。当时一些地方将吏，针对起义军流动作战，随时随地得到人民的支持，而清军疲于奔命，不能有效地镇压起义军的情况，于湖北襄阳孝感的一些村市和长江沿岸的一些城镇修筑堡寨，取得成效。嘉庆二年将军明亮上书朝廷，请令于农民起义军最活跃的州县修筑堡寨，实行坚壁清野之策，但没有得乾隆帝的批准。嘉庆帝亲政后，历经数月，经多方调整调度，仍不能置起义军于死地，遂广为推行坚壁清野政策。四年六月，他根据湖北孝感随州寨堡团练、坚壁清野的经验，肯定这是镇压农民起义的“良策”，命经略勒保等，于川、陕、河南等省各处，仿照办理。同年七月，额勒登保继任经略后，首先于川东、川北各地“扼险筑寨，大者数千人，亦数百家，团练守御。”凡起义军“所至俱有堡寨，星罗棋布”1。额勒登保又令陕、楚“晓谕修筑”。额勒登保大力推行堡寨团练，受到嘉庆帝嘉奖，令各地从速推行。继而那彦成、松筠、台布、长麟推行于陕甘，而后书麟、吴熊光行之于湖北。“先后三四载，堡寨告成”2。嘉庆五年，由于川东、川北堡寨团练的推行，起义军的活动遇到了极大困难，他们被迫离开川省，转战陕甘。嘉庆帝指斥陕甘督抚推行堡寨团勇不力，明确规定：“自后以剿捕责成领兵将帅，而团练守御则责成督抚”3，严令“陕甘、湖广督抚严饬所属，山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守有效者保奏，违者罪之”4。面对起义军不断发展壮大的现实，他深感八旗、绿营及所募散勇之不得力，亦感兵力不敷调用，于是，在极力推广“扼险筑寨”、“掘壕筑堡”时，提倡团练乡勇，企图节省养疲兵、募散勇之资，收事半功倍之效，命令各省督抚“聚集壮健，结队保守，贼至则合力迎御，贼去则仍安生业。”5为了提高乡勇的战斗力，后来他又要求各地对乡勇“勤加操练”，“团而不散”6。为了刺激乡勇头目更积极地为清皇朝效力，他力改军营中“临阵辄令乡勇居前，绿营兵次之，满兵、吉林、索伦又次之。……及战胜，则后队弁兵又攘以为功，而冲锋陷阵之乡勇反不得与”的情况，令各地将吏“嗣后乡勇有功，一例保奏，阵亡一例议恤”7。“寨堡团练”的坚壁清野政策，给川、楚、陕白莲教大起义带来严重影响，极大地削弱了起义军赖以纵横驰骋、机动灵活地打击敌人的基础。因为它割断了起义军与广大贫苦农民的密切联系，使起义军在人员的补充、粮秣的供给等方面产生了极大的困难。而各地乡勇、团勇或为清军查询道路，递送情报，成为清军耳目；或“百十成群，乘夜劫营”，成为清军的别动队1。起义军处处遭受打击，日夜不得安宁。自坚壁清野政策实行后，白莲教大起义高涨的形势急转直下，“五年以前，贼势之炽者，以其到处裹人，胁从日众，抢掠民食，因粮于我也。自堡寨之议行，民尽依险结寨，平原之地，亦挖壕筑堡，牲畜粮米，尽皆收藏其中，探有贼信，民归寨堡，凭险据守。贼至，无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣”2。由此足见坚壁清野对川、楚、陕白莲教大起义的巨大影响。
嘉庆帝亲政后实行的一系列新政策，使起义军受到严重挫折。嘉庆五年下半年，许多著名的起义军领袖相继被捕或战死，义军不得不向川、楚、陕三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托巴山老林坚持斗争。嘉庆六年二月，列名悬赏起义军领袖徐天德、王廷诏、高二（即高天升）、马五（即马学礼）、高三（即高天德）等。此时，经略额勒登保、参赞德楞泰又率军对起义军实行分路围剿，起义军面临的局势更加险恶。不久，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等人或战死，或被俘。至嘉庆六年六月，起义军活动的地区仅局限于川、楚、陕三省交界的老林寨堡狭小的地区，人数剧减至二万四千余人。但是，起义军并没有放下武器，他们出没于丛山老林，游击于清军力量薄弱地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”3。他们前赴后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”1。为了迅速歼灭起义军，嘉庆六年六月，经略、参赞于陕西平利举行会议，决定由德勒泰由西南逼攻，额勒登保由东北邀击，会剿于三省交界处。德勒泰在围剿中，分选兵勇，冒起义军服色、旗号，使用受招抚的起义军为向导，“或佯与合队，或趁夜袭营”2。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余一万多人。急于求胜的嘉庆帝限令于六年冬将起义军悉数歼灭。但是，这个计划并没有实现。嘉庆七年正月，活动于川北的起义军领袖苟文明联合其他零散队伍，积聚二千余人，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自认已稳操胜券的嘉庆帝因劳师糜饷、旷日持久不能成功而大动肝火，愤而将额勒登保夺爵革翎，七年五月，又将额勒登保革职留任，令其“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏赐募。……限六月内灭贼”3。在清军全力压迫下，至七年十一月，起义军的著名领袖大部分已战死和被俘，零星起义军千余人只能分散活动于丛林中。嘉庆七年十二月，经略、参赞会同川督、陕督、湖督，以大功勘定，用黄布朱里折六百里驰奏，嘉庆帝立即“祭告裕陵，宣示中外”，论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。他虽以大功底定宣示中外，并没有立即撤兵罢战。他深明“一贼不尽，皆可滋蔓”的历史教训，指示经略、参赞“毋遽来京”，诸帅亦屯兵险要，穷追残存的起义军。至嘉庆八年七月，额勒登保等奏报三省肃清，大批清军开始撤离。不久，起义军余部趁清军纷纷撤离之机，突出老林，四出活动，而大批被裁撤乡勇与起义军的联合，使已濒临失败的白莲教大起义大有重振雄威的势头。这时，起义军人数虽不多，然而，他们皆历经百战之余，有丰富的经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”1，而清军“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二、三百贼，而三省不得解严”2。地方大员一时束手无策。九年，嘉庆帝只好再次派遣还朝不久的额勒登保以钦差大臣赴陕，会同德勒泰再次围剿起义军。直至九年九月，各路皆报肃清。但是，即使在此后，起义军余部的活动仍在进行。嘉庆十年五月，起义军的最后一个领导者王世贵牺牲，标志着起义的最后失败。
历时九年，遍及五省的白莲教农民大起义被残酷地镇压下去了。嘉庆帝为了镇压起义，先后调集了十六个省的兵力，耗费白银二万万两，相当于清政府五年财政收入的总和。清政府在镇压起义军时，被击毙的一、二品高级将领二十多人，副将、参将以下军官四百多人。清政府的武装力量因而受到极大削弱。从此，这个皇朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆帝竭尽全力刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报迭起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年（1800）即发难于闽浙沿海，力量日益壮大。嘉庆九年起义军连八十余艘，进入福建沿海。冬，蔡牵聚集战船百余艘率众二万有余进攻台湾，自号镇海王。这时，白莲教起义已被镇压，嘉庆帝立即增强了对蔡牵起义军的镇压，至嘉庆十五年二月，蔡牵领导的东南沿海人民起义最后失败。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年（1813），对清朝造成更大政治威胁的林清、李文成领导的天理教农民起义又爆发了。嘉庆十八年九月初七日，三千名起义军攻破河南滑县县城，杀死知县强克捷，于狱中救出李文成，并推他为起义领袖。直隶之长垣、东明，山东之曹州、定陶、金乡等地农民纷起响应，杀官围城，势如烈火。与此同时，变生肘腋，祸起萧墙。九月十五日，由林清组织的京畿附近的天理教农民起义军二百多人，由宣武门潜入内城，其中八十多名起义军突入禁门，至大内。当时，嘉庆帝正在热河行围。变起，宫内一片惊慌。留京王大臣率禁兵至，突入大内的起义军势孤力单陷于失败。嘉庆帝得到消息，惊恐万分。十七日下诏罪己，谴责诸臣“因循怠玩”，“致酿成汉唐、宋明未有之事”1。谕令新任步军统领英和于京城及近畿大肆搜捕，“其三品以下官员以及军民铺户人等俱著逐户挨查，除妇女不查外，丁男按名点验”2。同日，林清于北京郊区的黄村被捕。十九日嘉庆帝还宫，在瀛台亲讯林清及内应太监，“皆磔之，传首畿内”3。在大力捕杀近畿农民起义军的同时，他重新大规模调兵遣将，布置对直、鲁、豫农民起义的围剿。十九年正月，在清军围剿中，天理教农民起义失败。
嘉庆一朝，人民的反抗斗争几乎没有停止过。嘉庆帝虽然把农民起义血腥镇压下去了，但是在农民起义的不断的沉重打击下，嘉庆帝统治的皇朝变得虚弱、精疲力尽
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